台灣斑馬魚核心設施在國科會(今科技部) 的經費支持下於2010年1月成立，根据服務社羣及地理位置的考暈，核心設施分為中研院分支 (TZCAS) 及衛清分支(TZeTH)。衡清分支是由國立清華大學及財團法人國家衛生研究院共同經營。其營運及管理除了這兩個機構的全力支持外，主要是由「第一期生物資源建置計畫」的經費贊助。自2010至2014年，在此計畫執行年限中，台灣斑馬魚核心設施分別與位於美國奥立崗州的「國際斑馬魚資源中心」，(ZIRC , Zebrafish International Resource center) 以及位於德國Karlsruhe 的「歐洲斑馬魚資源中心」(European Zebrafish Resource Center) 簽訂了MTA，使本中心可以合法引進各種有用的斑馬魚品係並可以將他們分享給國內研究社羣。設立於國衛院內的斑馬魚核心設施並於2015年3月19日通過AAALAC國際認證 (with Full accreditation by AAALAC International) 。自2015年起台灣斑馬魚核心設施進入另一個里程碑，在「第二期生物資源建置計畫」的支持下，台灣斑馬魚核心設施-中研院及國衛院分支將繼續為您提供服務。我們將在有限的資源支持下，為您提供最立即的服務，您的需要是本核心設施存在的最大價值，故請您不吝分享對本核心設施的期許及建議，請e-mail我們(zff@nhri.org.tw) 。
